…В конце 1992 года храм иконы Знамения был возвращен православной церкви. К тому времени от храма остались только стены, изувеченные пристройками. Не было даже пола, отошла штукатурка, зияли проломы конструкций. По благословению епископа Новосибирского и Барнаульского Тихона настоятелем храма был назначен протоиерей Михаил Капранов. Под его руководством началось восстановление разрушенной святыни. В пристройках начали проводить богослужения.

10 декабря 1993 года был отслужен акафист иконе Божией Матери «Знамение» и начались работы по строительству Иоанно-Кронштадтского придела, где была устроена купель для совершения таинства крещения.

С февраля 1994 года богослужения в храме стали проводиться регулярно…
По благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II и по постановлению Священного Синода Русской Православной Церкви от 18 июля 1994 года, епископ Барнаульский и Алтайский Антоний определил указом № 228 от 20 июля 1994 года преобразовать Знаменский приход Барнаула в Знаменский женский монастырь.

Первой настоятельницей монастыря которого стала монахиня Глафира (в миру Галина Викторовна Любицкая). Через два года молитвами и трудами первых сестер монастыря — ныне покойной схимонахини Филареты, схимонахини Георгии, схимонахини Гавриилы и других — был восстановлен главный храм и освящен придел в честь иконы Знамения Божией Матери.